Les germes pathogènes sont émis dans le milieu naturel par des sources multiples, d’origine diverses.
Des sources potentielles multiples, en lien avec les activités humaines :
- Sources domestiques – contamination par des rejets d’eaux usées (rejet de station, absence de traitement, mauvais raccordement….)
- Sources agricoles (lessivage des parcelles après épandage, débordement de fosses, rejets issus des bâtiments d’élevage, contamination par des apports de lisiers ou de fumiers…)
- Source industriel (industrie agroalimentaire) – contamination par rejet.